Einen Tag nach der ersten Liga endet auch der Spielbetrieb in Liga Zwei. Die Aufsteiger stehen fest: Glückwünsche gehen nach Köln (auch nachträglich für die Meisterschaft), Duisburg und Frankfurt. Den bitteren Gang in die Regionalliga müssen Eintracht Trier, RW Oberhausen, RW Essen und RW Erfurt antreten.
Die offizielle Abschlußtabelle
Anmerkung: Die Partie Erfurt gegen Unterhaching (2:0) wurde vom DFB wegen
Dopings eines Erfurter Spielers nachträglich mit 2:0 für Unterhaching
gewertet. Dieses Ergebnis ist in der Tabelle berücksichtigt.
| Platz | Mannschaft | ges. | G | U | V | Tore | Diff. | Punkte |
| 1 | 1. FC Köln | 34 | 20 | 7 | 7 | 62:33 | +29 | 67 |
| 2 | MSV Duisburg | 34 | 19 | 5 | 10 | 50:37 | +13 | 62 |
| 3 | Eintracht Frankfurt | 34 | 19 | 4 | 11 | 65:39 | +26 | 61 |
| 4 | 1860 München | 34 | 15 | 12 | 7 | 52:39 | +13 | 57 |
| 5 | Greuther Fürth | 34 | 17 | 5 | 12 | 51:42 | +9 | 56 |
| 6 | Alemannia Aachen | 34 | 16 | 6 | 12 | 60:40 | +20 | 54 |
| 7 | Erzgebirge Aue | 34 | 15 | 6 | 13 | 49:40 | +9 | 51 |
| 8 | Dynamo Dresden | 34 | 15 | 4 | 15 | 48:53 | -5 | 49 |
| 9 | SVW Burghausen | 34 | 13 | 9 | 12 | 48:55 | -7 | 48 |
| 10 | SpVgg Unterhaching | 34 | 14 | 3 | 17 | 40:43 | -3 | 45 |
| 11 | Karlsruher SC | 34 | 11 | 10 | 13 | 46:47 | -1 | 43 |
| 12 | 1. FC Saarbrücken | 34 | 11 | 7 | 16 | 44:50 | -6 | 40 |
| 13 | LR Ahlen | 34 | 10 | 9 | 15 | 43:49 | -6 | 39 |
| 14 | Energie Cottbus | 34 | 10 | 9 | 15 | 35:48 | -13 | 39 |
| 15 | Eintracht Trier | 34 | 9 | 12 | 13 | 39:53 | -14 | 39 |
| 16 | RW Oberhausen | 34 | 8 | 10 | 16 | 40:62 | -22 | 34 |
| 17 | RW Essen | 34 | 6 | 15 | 13 | 35:51 | -16 | 33 |
| 18 | RW Erfurt | 34 | 7 | 9 | 18 | 34:60 | -26 | 30 |